椒烂果是多种病害的共同症状，病源不同，症状各异，因此防治方法也不一样。
1、日灼病烂果
高温天气，果实向阳部分受阳光直晒，使果皮退色变硬，产生灰白色革质状斑，病部表面变薄，果肉组织坏死发硬。后期易被其他病菌浸染，出现黑霉并发生腐烂。
防治方法：应及时浇水，均衡供水，改善田间小气候。在整枝打杈时适当留两片叶再摘心，这样可起到遮阳降温的作用，减少病害发生。
2、脐腐病烂果
果实脐部受害，初呈暗绿色水渍状斑并迅速扩大，病部皱缩，后期表面凹陷。常因寄生其他病菌而变黑或腐烂。究其原因，主要是因为高温干旱，土壤水分供应不足，辣（甜）椒植株供应钙元素不平衡，导致果实缺钙。另外，偏施氮肥，也会影响植株对钙的吸收，导致果实缺钙产生脐腐病。调查显示，当土壤中含钙量在0.2%以下时容易发生该病。
防治方法：可喷洒1%的过磷酸钙溶液或0.1%的氯化钙溶液。另外，如病部变黑或腐烂，可结合黑霉病或软腐病同时防治。
3、软腐病烂果
初呈水渍状暗绿色斑，后全果软腐，具恶臭味，内部果肉腐烂，果皮变白，干缩后果实一般挂在枝条上，遇外力后即脱落。
防治方法：可喷施72%农用链霉素或50%DT杀菌剂或40%硫酸链霉素可溶性粉剂或可杀得或加瑞农等药剂，每隔7天喷1次，连喷2～3次。
4、疫病烂果
多数先从蒂部染病，呈水渍状灰绿色病斑，后迅速变褐软腐。潮湿天气时，表面长出稀疏的白色霉层，病果干缩不脱落。其他部位如茎杈枝叶上，常有水渍状褐斑。要注意加强防治。
防治方法：可喷64%杀毒矾与55%瑞毒霉混合液（15公斤水中，两种药剂各加30克)，或58%甲霜灵锰锌或69%安克锰锌或60%氟吗·锰锌等，每隔7天喷1次，连喷2～3次。
